Rufust nem használok, szerintem csináld inkább MCT-vel, azzal tuti jó. Menj most biztosra, a gép legyen UEFI-re állítva, a telepítőben pedig törölj mindent, és a teljesen üres helyet add meg neki. Ezzel biztosan jó lesz, ha ezután is lassú, akkor más gondod van.
Ahogy linkeltem is, a Windows Boot Manager a rendszer része, nem lehet kikerülni, de nincs is hatással a teljesítményre. Akkor is az SSD-ről bootol, ott talált rendszert a gép.
Egyébként megpróbálhatod kikapcsolni a gyors rendszerindítást (elvileg nem szabadna lassítania, de mivel köze van a folyamathoz, egy próbát megér), frissíthetnéd lehetőség szerint a drivereket, és próbáld teljesen gyári állapotban használni a rendszert, tehát se CCleaner, se másik vírusirtó ne legyen telepítve. Engedd frissíteni a telepítés után. Ha akkor jó, akkor egyenként telepítsd azokat a programokat, amik hatással lehetnek a teljesítményre, így kiderül, hogy melyiknél kezd lassulni.

pinnacle: Elhiszem, remélhetőleg azt is tudja, hogy a System és a TrustedInstaller írhat oda, a rendszergazdák csoportja nem. Nem tudom, hogy a Classic Start hogyan törli az appokat, hogy ehhez van-e megfelelő jogosultsága. Annyira védett mappa az, hogy az Explorer olvasni sem engedi.

A kalibrálással kapcsolatban sajnos nincs ötletem. Én gyártói profilt használok, azt sosem állítja el.