Erre lehet nagyon röviden és nagyon hosszan is válaszolni.

Röviden: a fizikai méretek (tényleg!).

A hosszúra nem vállalkozok, mert sok lenne, talán nem is idevaló, ugyanakkor becsületesen van dokumentálva megtalálható forrásokban.

Közepesen:

- Mindkettőnek lényeges tulajdonsága a kis nyitóirányú feszültség (VF), összahasonlításként: nomáldiódáknál 0.7-1.7V, Schottkynál 0.15-0.45V. A hatásfpkra való hatása evidens.
- Van egy nagyon fontos paraméter, (magyarul nem tudom a pontos nevét) a reverse recovery time, ami az az idő, ami a nyitott állapotbol a zárt állapotba való átmenetet jelenti. Ez a nomál diódáknál 100 ns nagyságrendű, míg a Schottky diódáknál gyakorlatilag nem létezik. Ez alatt az idó alatt a diódán már nagy(obb) zárófeszültség van, de még áram folyik, amíg a "kisebbségi" töltéshordozók (minority carriers) kürülnek az átmenetből. Ez teljesítményt, ergo: melegedést, hatásfokcsökkenést eredményez.
- a záróból nyitó irányba kapcsoláshoz szükséges idő nagyságrendekkel kisebb a Schottky diódáknál.
- A kis Schottky diódák rádiófrekvenciás alkalmazásokban akár 50 GHz-ig is teszik a dolgukat, a klasszikus p-n diódák itt ugyancsak 1-2 nagyságrenddel szerepelnek gyengébben.
- A fizikai méretek természetesen parazita kapacitásokkal is járnak. Ezért a nagy Schottky diódák nem képesek a psec idejű kapcsolási sebbességekre, de még mindig használhatók a 200 kHz...2 MHz sávban a nagyáramú egyenirányításra, ezáltal lehetővé téve a kapcs. üzemű tápokban például a nagyon kis méretű induktivitások használatát.