"Igazából abban bíztam, hogy egy ingyenes kis progival ripsz-ropsz összefűzök két fájlt és kész... "

Nem teljesen ripsz-ropsz, de létezik amit szeretnél: FFMPEG.
Ha leszedted, a bin mappában lesz az ffmpeg.exe, az önmagában működik, odamásolhatod a videófájlok mappájába.
Az összefűzés MPEG Transport Stream formátummal működik, ebbe lossless módon át lehet alakítani a MOV-odat, pontosabban a videó részét. A Fuji fájlokban PCM audio van, ezt az MPEGTS nem szereti, szóval AAC-vá át kell alakítani, de ennyi baj legyen.
Nézzünk egy példát, adott a DSCF1587.MOV és a DSCF1588.MOV amiket össze szeretnél fűzni. Az első két sor ezeket MPEGTS-é alakítja, 160kbps-es AAC audioval, ezt nyugodtan emeld meg ha akarod. Elkészül tehát az DSCF1587.ts és az DSCF1588.ts, a harmadik sor ezeket fűzi össze egy MP4-é.

ffmpeg -i DSCF1587.MOV -vcodec copy -c:a aac -b:a 160k -bsf:v h264_mp4toannexb -f mpegts DSCF1587.ts
ffmpeg -i DSCF1588.MOV -vcodec copy -c:a aac -b:a 160k -bsf:v h264_mp4toannexb -f mpegts DSCF1588.ts
ffmpeg -i "concat:DSCF1587.ts|DSCF1588.ts" -c copy -bsf:a aac_adtstoasc output.mp4

Ilyesmivel amúgy gyere nyugodtan a Videó DSLR-el topicba.

colorizer.net