Bocs, de szerintem az ISIS-es hasonlat egyáltalán nem jó.
Egyrészt, a Cerberus támasztotta fel Shepardot. Ha ők nem lennének még mindig hulla lenne (már ez is elég magyarázat lenne, de Shephard egyáltalán nem ezért maradt velük, hanem azért mert velük tudta leginkább szolgálni a civilizációt. Ezen a ponton a Szövetség és a Tanács sem hitt a Reaperekben.)
Másrészt, maga a szervezet célja is teljesen más. A Cerberus célja, az emberiség, mint faj dominanciája. Persze az eszközei közel sem legálisok, ezért tekint a Szövetség és a Tanács (főleg ők) terrorista szervezetként rájuk.

Azonban a lényeg, hogy Shepard nem simán egy magas rangú katonatiszt. Ő már több alkalommal biznyította, hogy teljesen elkötelezett a Szövetség és a Tanács irányában. Ezért is választották meg fantomnak. Ja, és ha már itt tartunk: egy fantom szinte bármit megtehet, a törvény felett áll (persze ha valami durvát csinál a fantom, akkor a Tanács elveheti tőle a fantom státuszt).
Szóval mindezek fényében én nem tartom logikusnak, hogy csak azért, mert egy ideig a Cerberussal volt (nem sokáig mivel 2 évig csak hulla volt, és az idő alatt, amíg a Cerberussal nyomult, nem tett semmi törvénybe ütközőt) hadbÍróság elé állítsák.
Azonban több, mint 300.000 batáriai kinyírása már kellően elég indok a hadbírósághoz (a Reaperekben még mindig nem hisznek, szóval Shepard indoka is gáz).