Bocs, csak úgy értettem, hogy volt-e már valakinek ehhez hasonló tapasztalata. Neki is láttam egy egyszerűsített tesztkódot írni (az enyém meglehetősen hosszú).
Ez a teszt fragment, egyetlen metódus:

public class TestFragment extends Fragment
{
@Override
public View onCreateView(LayoutInflater inflater, ViewGroup container, Bundle savedInstanceState)
{
TextView tv = new TextView(getActivity());
tv.setText("Hello világ!");
return tv;
}
}

És a lényeg: az activity:

public class MainActivity extends FragmentActivity
{

@Override
protected void onCreate(Bundle savedInstanceState)
{
super.onCreate(savedInstanceState);
FrameLayout fl = new FrameLayout(this );
fl.setId(1234);
setContentView(fl);
}

@Override
public void onResumeFragments()
{
super.onResumeFragments();

FragmentManager fragmentManager = getSupportFragmentManager();

TestFragment test = (TestFragment)fragmentManager.findFragmentByTag("TEST");
if (test == null)
{
test = new TestFragment();
}

FragmentTransaction fragmentTransaction = fragmentManager.beginTransaction();
fragmentTransaction.add(1234, test, "TEST");
fragmentTransaction.commit();
}


@Override
public void onPause()
{
super.onPause();

FragmentManager fragmentManager = getSupportFragmentManager();

TestFragment test = (TestFragment)fragmentManager.findFragmentByTag("TEST");
if (test!=null)
{
FragmentTransaction fragmentTransaction = fragmentManager.beginTransaction();
// fragmentTransaction.detach(test);
fragmentTransaction.remove(test);
fragmentTransaction.commit();
}
}

}

((Igazából ezeken a kódokon kívül az eclipse saját indítókódján semmit sem kell változtatni, mert a View-k dinamikusan jönnek létre. A rengeteg Log-ot kitöröltem, de akár minden metódus figyelhető a LogCat-ben.))

A LÉNYEG:

Sztem. az indítás során az onResumeFragments-ben hozzáadjuk a "TEST" fragmentet,
leállításnál az onPause-ben eldobjuk. (Ha akarjuk, akkor detach is lehet.)

A REMOVE UTÁN SZERINTEM A FRAGMENTNEK EL KELLENE PUSZTULNIA A DESTROY FOLYAMÁN!

Ehhez képest újraindítás után hibaüzenet:
java.lang.RuntimeException: Unable to resume activity {.fragmenttest.MainActivity}: java.lang.IllegalStateException: Fragment already added: TestFragment{40525cf0 #0 id=0x4d2 TEST}

Vagyis az eldobott Fragmentünk "visszajött".

Ugyanez történik ID és Tag alapú keresésnél is: az eldobott Fragment megjelenik
Ha két (landscape és portrait) layout között váltogatok, akkor még hibaüzenet sem jön, csak a Fragmentek sokasodnak.
((Világos, ha a remove átkerül a legelejére, akkor nem lesz hiba, de a Fragment megmarad))

SZERINTEM:
A Fragment-ek NEM objektumként működnek, hanem sokkal jobban hasonlítanak az Activity-ra. Vagyis: létrehozás után (ez történik objektumok módjára), mindvégig megmaradnak, csak ide-oda kapcsolgathatjuk őket.
Az onRetain...-nál annyi különbség lehet, hogy ott érinetetlenül maradnak meg, itt meg a View újra készül.

Ez azért gond, mert ha egyszer egy Fragmentet valamelyik View-ba bekapcsoltunk, akkor ragaszkodik a saját View-jához, más View ID esetén hibát dob.

Képzeljünk el egy szituációt: bal oldalon a lista, jobbra az egyes elemek, külön fragmentben. Ha ezt EGY activityvel oldjuk meg, akkor NÉGY fragmentet kell kezelnünk (2 landscape, 2 külön portrait módban) VAGY ha ugyanazt az Id-t adjuk meg a két külön layout-ban lévő fragmentet fogadó View-nak, akkor csak KÉT fragmentet kell kezelnünk.
Tudom, hogy a KÉT ACTIVITY-vel való kezelést preferálják, de 1. ettől nem tudom meg, miért nem tűnnek el a fragmentek. ((2. Az activity-k közötti kommunikáció miatt ez a megoldás most nem az igazi nekem (de ez a teszt szempontjából lényegtelen))

Bocs, ha nem teljesen érthető ez, igyekeztem nagyon rövidíteni a kódot. De már csak azért is hajt a kíváncsiság, hogy ez miként műxik.