Nem tudom milyen az APK formátuma, de alábbi egy lehetőség.

Én azt csinálnám, hogy:
1. Ha nincs TextFX plugin telepítve, akkor telepítsd
2. TextFX -> TextFX Tools -> Sort outputs only UNIQUE (at column) lines, ezt bekapcsolni
3. TextFX -> TextFX Tools -> Sort lines case insentitive (at column)
4. Az eredményt másik fájlnévbe mentsd el!!!

Na most itt már megvan egy olyan verzió, amiben nincs ismétlődő sor. Azonban ha a fájlod eredetijében számít a sorok sorrende (pl. kód), akkor ez így nem jó. Ezért azzal folytatnám:

Az eredeti fájlnak csinálj egy sort-olt változatát így:
5. TextFX -> TextFX Tools -> Sort outputs only UNIQUE (at column) lines, ezt kikapcsolni
6. TextFX -> TextFX Tools -> Sort lines case insentitive (at column)
7. Az eredményt másik fájlnévbe mentsd el!!!

8. 4.-es pont eredményét és a 7.-es pont eredményét diff-fel hasonlítsd össze (Notepad++-ban ALT+D, ha a Compaere plugin telepítve van).
9. Gyűjtsd ki kézzel azokat a sorokat, amelyik törölve lettek.
10. Aztán ezeket a sorokat töröld az eredeti fájlból, így megtartva az eredeti sorrendet.