Attól függ mit akarsz. Nekem több subdomainem is fut, ezért az nginx tök külön unit a cloudtól és kézzel hoztam létre a certeket majd automatán frissíti őket ha kell.
Ezekben tudok segíteni szívesen, de az Owncloudot egyáltalán nem ismerem, plána az ő ssl kezelési hülyeségeit. (Egyébként nem jobb a Nextcloud?)
Nagyjából így néz ki egy nginx példa (ez így nem fog működni, az enyémet raktam fel, csak kivágtam az irreleváns részeket):