Az egyik kérdésem ezzel kapcsolatos. Ha csak a mobi fájlt teszem át a Kindle-re, akkor pl a borító benne marad, és látható lesz a könyv adatainál?

Igen, de érdemes megőrizni a mobi fájlt is.

A másik pedig, hogy eddig USB-n másoltam át a könyveket, majd a Kindle Collection Managerrel csináltam meg a nekem tetsző struktúrát. Ad-e valami pluszt ha Calibre-n keresztül teszem fel a könyveket?

Sok könyv másolásánál ez nem túl praktikus. Túl sok autómunkával jár, mármint ha nagyszámú könyvet egyenként kell elhelyezni a Collection-okban. Sokkal egyszerűbb ha ezt a munkát a Calibre végzi el. A Collection-ok létrehozásához van plugin ([GUI Plugin] Kindle Collections). [link]
További plusz, ha a Calibre-vel másolod a gépedre a könyveket, akkor az oldalszámozáshoz szükséges kiegészítő állományt is automatikusan felmásolja.

A könyv az olvasón eddig prc volt, most egy epub-ot küldtem szándékosan, de nincs változás, a sorban az elérési útnál a prc van.
Mármint melyik elérési útnál? A PC-n, vagy az olvasón?