Épp tegnap én is ugyanezt tapasztaltam!
OpenSUSE 12.2-ben.
XFCE desktoppal, a GUI-n keresztül hiába állítottam be az órát , hogy ne használja a HW clockot, nem jegyezte meg, reboot után ugyanúgy a HW clockra állítja magát, az pedig egy órával többet mutat.
Szóval én is kíváncsi vagyok a válaszra.