Hali!
talán ez http://www.javapractices.com/topic/TopicAction.do?Id=42
itt pedig fönt van egy jó kis ábra, hogy melyik osztályt mire tudod használni:
http://docs.oracle.com/javase/tutorial/essential/io/file.html
Én a helyedben azt csinálnám, hogy beolvasnám a fájlt sorról sorra. Megváltoztatnám soronként ami kell, és egyből írnám ki egy másik fájlba (BufferedReader, BufferedWriter). A procedúra végén pedig ezt a tmp fájlt átnevezném az eredeti fájlra.
A kicserélés könnyen megy String függvényeivel. Reguláris kifejezéseket ne használj, mert Javaban nagyon lassú.
Ha nem akarod megkeseríteni az életed, akkor arról tegyél le, hogy egy fájlt szimultán olvasol és írsz 
nem is hatékony
