Jó lett 
A (volt) cmd ablakot nehezen tudtam előcsalni, nekem csak a WIN gomb és az R gomb együttes lenyomására jött elő, oda már be tudtam írni a shell:startup parancsot, mire feljött az indítómenü. Oda húzással beraktam az ahk ikont és máris megoldódott a windows indulásakor a billentyűzet átkonfigurálása.
Kedves dqdb és DewiL, köszönöm a segítséget 
Minden jó, ha a vége jó. Ha nem jó, akkor még nincs vége.
