Látom, hogy régi cikk, de ha már idetévedtem, írok néhány saját preferenciájú alternatívát, hátha valaki épp most fontolgatja az átállást.

Disztró: Mint (persze még sok jó van, a gép combosságától és ízléstől függ)
Ablakkezelő: KDE (legcsilivilibb)
Grafikus szövegszerkesztő: Kate (KDE beépítettje), esetleg alternatívaként Gedit, Geany, Commodo Edit, fizetősként ugyan, de van Linuxra is UltraEdit
Karakteres felületű szövegszerkesztő: mcedit, nano, könnyen kezelhetők, de érdemes lehet a vim-be beletanulni
Grafikus fájlkezelő: egyértelműen Double Commander (kicsit nehézkes a konfigurálása, de megéri, FTP kezelést, archívumkezelést is tud), tudásában ez áll a legközelebb a Total Commanderhez (és van Windowsra is, ha valaki hivatalos helyen nem tud TC-t warezolni), de jó még a Krusader is (KDE beépítettje) és a Tux Commander
Karakteres fájlkezelő: Midnight Commander
Levelező: Thunderbird, de ha valakinek nem tetszik, akkor jó a KMail is (KDE beépítettje)
Böngésző: Firefox, Chrome, igény szerint
Tömörítő: Ark (KDE beépítettje), ha nem felelne meg, akkor tényleg jó a PeaZip, 7-zip is, de én egyiket sem használom, az archívumokat natívan és kényelmesen kezeli a Double Commander is
CD/DVD-író: K3b, ezt a legjobbnak tartják Linuxra, többek között tudja az AccurateRip-et is, és ez boldogul a legtöbbféle lemezzel (bár a Brasero is jó, azzal sem volt még bajom)
Képnézegető: GwenView (KDE beépítettje), mást nem próbáltam, kevés képet nézegetek, nekem ez megfelel
Torrent: KTorrent (KDE beépítettje) jó, de nekem a privát trackert nem kezelte jól, ezért qBittorrent lett belőle. Jó még a Deluge. Van uTorrent is Linux alá, de csak webfelülettel lehet használni.
Audiolejátszó: Clementine (az Amarok sem lenne rossz, de nem viszi a .cue fájlokat), meg még van kismillió, Winamp-klónok is is bőven vannak, plusz ott van még Spotify kliense.
Videolejátszó: SMPlayer (mplayer), kisebb erőforrásigény jellemzi, mint a szintén jó és ajánlható VLC-t
PrintScreen-funkcióhoz: KSnapshot (KDE beépítettje), ez is sokat tud, akár csak a Shutter. Rá lehet aplikálni a PrintScreen gombra is.
Irodai alkalmazás: LibreOffice (sokkal inkább érdemesebb ezt használni, mint az OpenOffice-t)
Játék: a Wine tényleg alap program, opcionálisan PlayOnLinux (Wine frontend), Steam (néhány nagy címmel is, de összesen majdnem 600 játék csak itt). Sok natív linuxos játék érhető el al'a natúr a csomagkezelőből, és www.lgdb.org-ról vagy hasonló oldalról összevadászva.
Képszerkesztő: GIMP
Videoszerkesztő: Kdenlive, Avidemux, OpenShot
Video/médiakonvertálása: FFmpeg, de sajnos ez parancssoros
Audioszerkesztő: Audacity
Szótár: Goldendict
PDF néző: Ocular (KDE beépítettje, djvu, epub és hasonló formátumokat is kezel), de jó még Evince és ott van a linuxos Adobe Reader is
Daemon Tools: ha csak lemezképet kell csatolni, akkor a mount valamelyik grafikus felülete, én terminálból mountolok, úgyhogy nem tudok ajánlani erre alternatívát
Csevegésre: Skype, Pidgin
Tördelésre: TeXlive (TeXworks vagy TeXstudio szerkesztővel) vagy Scribus

Hasznos oldal még a www.alternative.to, és ajánlott a Szoftverközpontot (vagy hasonló nevű grafikus csomagkezelőt) is intenzíven nézegetni.

Amire nem találtam teljes értékű linuxos alternatívát, de megoldható Linux alatt:
foobar2000 (egyik linuxos alternatíva sem éri utol sajnos), viszont fut Wine alatt
fabbar2000-hez hasonló grafikus konvertáló frontend (a Clementine tud konvertálni, de sajnos nem tud külső tömörítőt meghívni, én meg külső tömörítőkkel konvertálok szinte mindig a paraméterezés miatt, most egyelőre scriptekkel oldom meg, amiket az archwikiről vettem, és saját igények szerint átalakítottam)
uTorrent (megy Wine alatt): akinek alap torrentes igényei vannak, azoknak a linuxos torrentek megfelelőek lesznek, de sajnos sok apróság van, amit nem tudnak a linuxos kliensek, de az uTorrent igen. Igaz van Linuxra uTorrent Server, de ezt csak webes felülettel lehet használni, ami azért még sem olyan, mint a teljes értékű GUI, funkcióban is korlátozottabb
mp3DirectCut: mp3merge, mp3split hasonló, de messze nem tud annyit
Photoshop a CMYK-s képek szerkesztésére, de ha nem kell a legújabb verziójú PS, akkor Wine alatt kitrükközhető, a neten sok leírás van hozzá
Goldwave (megy Wine alatt): nagyobb tudású, mint az Audacity, főleg a felvétellassító funkciója olyan királyságos, olyan minimális torzítású, hogy más program még meg sem közelíti, még az Adobe Audition sem
GIB szótárprogram (fut Wine alatt): speciális, zárt formátumot használnak a GIB szótárak, más program nem kezeli le őket, és még senkinek nem sikerült kinyerni a GIB-es szótárak anyagát, és XML formátumba konvertálni