Valószínűleg az MBR (MasterBootRekord) sérült meg. Van a windowsban rá javítóeszköz, csak a nevét nem tudom (XP alatt chkdsk volt, előtte fdisk/mbr kellett). Tehát jó eséllyel parancssoros cucc, a keresést (google faggatása) rád bízom.
http://qtp.hu