Igen, külön támogatás kellene minden vezérlőhöz - de ez a vezérlő (alaplap) készítő dolga
Teljesen tökéletes driver hiányában, sajnos ez a helyzet, jó esetben csak IDE módban sikerül a felismerés (de van, hogy még úgy sem).
A drivert sajnos nem lehet megkerülni, muszáj azt használni a lemez eléréséhez.

Ha nem látsz semmilyen előnyt, akkor érdemes visszatenni az IDE módot.
(személy szerint én Asus K8N-E alaplapot használok, azon AHCI mód használata nélkül is működik a hot-swap mindegyik SATA csatlakozón).

A Sentinel 2.50 még felébreszthette az alvó HDD-t, bár az elég valószínűtlen, hogy leállítás után pontosan azonnal hozzáférne, így lehet, hogy más szoftver okozta ezt.

Azért érdemes a 2.60b változatot is kipróbálni, az már elvileg nem ébreszti fel - csak arra ügyelj, hogy a Sentinel ritkábban kérdezze le a lemezek állapotát, mint amit az energiagazdálkodásnál megadtál, hogy a HDD-k álljanak le a megadott idő eltelte után.
Azaz ha pl. az energiagazdálkodásnál a merevlemezek kikapcsolását 10 perc üresjárat után kéred, akkor a Sentinelben a Beállítások -> Fejlett opcióknál a felismerés gyakoriságát ennél nagyobbra állítsd.

Hard Disk Sentinel - Merevlemez ellenőrzés és meghibásodás megelőzés - www.hdsentinel.hu