A francia forradalom és a nem sokkal előtte született amerikai Függetlenségi Nyilatkozat vallási vonatkozásban a jogalkotási szemléletet is megváltoztatta. A XIX. század első harmadában jellegzetes epizódnak tekinthető, amikor az evangélikus felekezetű Kossuth Lajos és római katolikus menyasszonya esküvőjén a katolikus lelkész megtagadta az egyház áldását. Az erre kitört országos felháborodás hatására Pest megye gyűlése a papot és mindazokat, akik hasonlóképpen jártak el, 600 forint büntetéssel sújtotta. A közvélemény csak akkor nyugodott meg, amikor az 1843-44-es országgyűlés törvényesen is védelmébe vette a protestánsokat, és kimondta: senkinek nem vitatható a vallási hovatartozása, aki tizennyolc éves koráig protestáns nevelésben részesült. Addig ugyanis ha egy katolikus és egy protestáns házasodott össze, a törvények értelmében a protestáns félnek ''reverzálist'' kellett adnia, azaz a protestáns felekezetű házasulandónak köteleznie kellett magát, hogy a születendő gyermekeket katolikus hitben nevelik.

Az 1848-as forradalom és szabadságharc idején a protestáns felekezetek vezetői élen jártak az osztrákokkal szembeni ellenállásra való buzdításban. Haubner Mátyás győri evangélikus püspök például így bátorította híveit a Windischgrätz elleni harcra: ''12 millió ember fölött folyik a fegyveres vita, ha tovább is barmoknak tekintessenek-e, vagy szabadjon emberré lennünk!'' Az áprilisi törvények, az 1848-as XX. Törvény 2. pontja pedig megállapítja: ''E hazában törvényesen bevett minden vallásfelekezetre nézve különbség nélkül tökéletes egyenlőség és viszonosság állapíttatik meg.'' A következő pont pedig az egyház-finanszírozás kérdésében döntött: az elismert felekezetek költségeit az állami kasszából kellett fedezni.

A szabadságharc leverése után, 1854-ig a katolikus hegemónia állami eszközökkel való visszaállítása újra előtérbe került, de ennek törvényi szabályozása egészen 1859-ig váratott magára. Az ekkor született ''protestáns pátens'' meg akarta szüntetni a protestánsok egyházi autonómiáját, s főhatóságként egy császári és királyi főkonzisztóriumot kívánt felállítani, megszüntetve ezzel az egyházi önkormányzatot. A kirobbanó országos felháborodás és ellenállás hatására a kormány 1860-ban visszavonta a rendeletet. 1867-ben a kül- és hadügy kivételével Magyarország visszakapta belső önkormányzatát, ennek következtében a polgári átalakulás mellett törvényi szinten is egyre inkább megvalósulhatott a vallási tolerancia. Eötvös József vallás- és közoktatásügyi miniszter egy 1868-as beszédében így jellemezte a megvalósítani kívánt állapotot: (az egyház) ''csak akkor nyújt valóságos támaszt az államnak, ha a haza polgárai saját egyházaik körében oly szabadoknak érzik magukat, mint az államban, és e két szabadságban nem az egymással való ellentétet, hanem a közös szabadság biztosítását látják.''

Vallásügyben a kiegyezést követő szabadelvű korszak az 1848-as áprilisi törvényeket tekintette mérvadónak. Ezek az elvek a XIX. század utolsó évtizedeiben részben valósultak csak meg: az 1868-as 38. törvénycikk bevezette a kötelező népoktatást, a vegyes házasságok tekintetében pedig az ugyanebben az évben született 53. törvénycikk elrendelte, hogy a fiúk az apa, a lányok az anya vallását kövessék. Ugyanebben az évben nyilvánította a törvény egyenjogúnak az izraelita felekezetet is. Mindemellett az állam és az egyház szétválasztásának elve csak lassan tudott megvalósulni. Deák Ferenc 1873. júniusi képviselőházi beszédében az egyház és állam szétválasztásának európai és amerikai modelljét összehasonlítva egyértelműen letette voksát: ''Jobbnak, ésszerűbbnek és czélszerűbbnek tekintem az amerikait. A mely rendszernek alapja az, hogy az állam ne, vagy minél kevesebbet avatkozzék a kultuszok ügyeibe, és csak akkor és csak annyiban, a mennyiben a status fönntartása a beavatkozást szükségessé teszi. De ha ezt egyszerre el nem érhetem, a czélt mindig szem előtt tartom, és minden lépést, a mely affelé vezet, pártolok...''

Az 1890-es években született a polgári házasságkötés törvénye, ami a szabad társválasztást, 1895-ben pedig a híres XLIII. törvénycikk, amely a vallás szabad gyakorlatát tette lehetővé azzal a megszorítással, hogy vannak ''bevett'', ''elismert'' és ''tűrt'' felekezetek. A törvény emellett nem szólt az állam és az egyházak szétválasztásáról és nem érintette az egyházi pénzügyeket sem.

Az I. világháborút követő Horthy-korszak a törvényi szabályozás tekintetében nem lépett túl a századfordulós vallásügyi rendeleteken. Számos történész a korszakot ''neobarokknak'' nevezi, nem kis mértékben a katolikus dominancia megerősödése miatt. Ez a korszak volt a szegényparasztság ''néma forradalma'' is. A zsidóság asszimilációjára irányuló századfordulós törekvéseket pedig felváltják a zsidóellenes törvények.

A II. világháborút követő néhány év kivételével a kommunista kormányzatok általában mindenféle vallás visszaszorítását tűzték ki célul. 1948-49-ben az új rezsim megállapodást kötött először a protestánsokkal, majd a katolikus felekezettel, akik ezután híveiket a hatalom iránti hűségre buzdították. Az internálások és meghurcolások megtették hatásukat. 1956-ban a 35 ezer katolikus részvételével megtartott máriapócsi búcsúról készült ÁVH-jelentés így számol bel: ''A szónokok (...) a megadott, illetve helyesebben a megbeszélt tematika alapján a vallásos keretbe ágyazva helyesen fejtették ki mondanivalójukat...'' Létrehozták a békepapság intézményét, sőt többen közülük parlamenti képviselőkké is lettek, mivel a magyar állam a főkegyúri jogot felelevenítve maga nevezte ki az egyházi méltóságokat. Egy volt III./III.-as ügynök, P. P. 1994-ben a Beszélőben napvilágot látott beszámolója így jellemzi a korszakot: ''Teljesen a kezünkben tartottuk az egyházat, mert beépített embereink a portástól a püspökig a hierarchia minden pontján megtalálhatóak voltak.''

A szocialista rendszer egyházpolitikájában 1965-re következett be a változás. Ekkor ért véget a II. vatikáni zsinat, s a még befejezése előtt megindult magyar-vatikáni tárgyalások eredményeképpen 1964. szeptember 15-én részleges megállapodásban szabályozták a katolikus egyház és az állam viszonyát, ami a rendszerváltásig fenn is maradt. A megállapodás értelmében a Szentszék kötelezte magát, hogy csak azokat a személyeket szenteli fel püspökké, akiket a magyar kormány nem ellenez. A pöspököknek pedig ''hűségesküt'' kellett tenniük, melyben elkötelezték magukat a Magyar Népköztársaság ''megerősödésének és fejlődésének előmozdítására''. Így a főpapság T. Varga Györgynek a História 1991/5-6-os számában megjelent elemzése alapján a kádári elit szerves részévé vált. A protestáns felekezetek ''bedarálása'' hasonlóképpen történt.

Bulányi György piarista tanár 1991-ben kissé szomorúan vette tudomásul, hogy a rendszerváltás során elmaradt a helyzet tisztázása: ''Amikor a pápa Magyarországon járt, együtt dicsőségeskedett vele az összes szentmiséken az elmúlt rendszer kollaboráns egyházi vezető rétege, és a börtönbüntetést szenvedett katolikusokat nem hívta össze, hogy velük is hálát adjon valamiért.''