Leírom ide, hogy meglegyen + hátha másnak is segít.
A rendszer Zentyal de szerintem Ubuntu alatt is megyen.

1. Leállítjuk a Mysql szervert
sudo service mysql stop

2. Beírjuk a következő parancsot:
sudo /usr/bin/mysqld_safe --skip-grant-tables &

3. Bejelentkezünk a root felhasználóval:
mysql -u root

Ha minden sikerült már a mysql promptját látjuk.

4. Kiadjuk a következő parancsot:
mysql>UPDATE mysql.user SET Password=PASSWORD('jelszavam') WHERE User='root';

5. Majd ezt:
mysql>FLUSH PRIVILEGES;

6. Útána ki is léphetünk..
mysql>exit;

+1. Próbáljunk meg bejelentkezni:
mysql -u root -p

Ennyi lenne.